这主要与此病潜伏期长，易复发有关。如何消除引起复发的各种因素是根治这一疾病，减少尖锐湿疣的发病率的重要环节。
其实，性行为是复发的重要因素，性伴越多，复发的机率越高，男性商业性工作者的尖锐湿疣发病率和复发率要高于妓女和同性恋者。首次性交年龄小于19岁者其发病率和复发率要高于其它人。小于25岁的女性患肛门生殖器疣的危险因素增大。
吸烟和饮酒是多种性病发病和复发的危险因素。因为吸烟和饮酒能降低人体的免疫功能，而且吸烟和饮酒者要比不吸烟和饮酒者的性伴多。有人调查发现吸烟超过十年者明显增加了尖锐湿疣的复发机会。而且，酒精能抑制中枢神经系统，减轻焦虑，增强性欲及卖淫行为，使性伴增多，同时，酒后避孕套的使用减少，暴力性性行为增多，生殖器损伤的机会和程度增加，增加了尖锐湿疣发病和复发。
婚姻状况也与此病的发病和复发有关，男性离婚，夫妻分居，丧偶和未婚者，夫妻生活不协调者，由于增加了高危性行为，复发机率也增多。性生活中选择避孕措施不当也此病的发病和复发机会。如男性时带时不带安全套，女性应用屏障避孕(安全套，避孕膜，宫颈帽)和口服避孕药，则增加自身尖锐湿疣发病和复发的机会。
其他性传播疾病如生殖器疱疹，淋病，滴虫，梅毒，HIV，真菌感染等，通过破坏粘膜屏障，使抵御HPV感染的能力下降，并且使生殖器局部环境变得潮湿，有利于HPV的繁殖生长。多种性病或其他病毒性，真菌性感染疾病并存大大的降低了机体抗病能力，尖锐湿疣发病和复发的机率成倍增加。
免疫功能低下的人群，如恶性肿瘤，红斑狼疮，肾移植，化疗者，应用糖皮质激素者等尖锐湿疣发病和复发的机率成倍增加，且疣体也大。
保持患处干燥可降低尖锐湿疣复发率，有人认为包皮环切术能减少尖锐湿疣发病和复发的机会，因为包皮下温暖潮湿的环境更利于病毒生存、复制。
其次，不良的生活、饮食习惯，个体的胖瘦，心理素质，教育状况和经济能力，自身的卫生状况等不同，发病和复发的情况也不一样。食用辛辣饮食，偏胖且皮脂分泌旺盛者，多虑者，教育水平偏高者，经济收入中下者，不注意卫生的中老年者复发的机会要高。
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